Con cả của Bùi Xương Trạch là Bùi Trụ đỗ trúng thức, làm quan nhà Mạc đến chức Tán lý, Thượng thư, sau đó theo Lê Bá Ly về quy thuận nhà Lê trung hưng (năm 1551), được phong làm công thần.

Con thứ ba của ông là Bùi Vĩnh đỗ Bảng nhãn khoa Nhâm Thìn (1532) đời Mạc Thái Tông.

Cháu nội ông là Bùi Bỉnh Uyên cũng theo bác là Bùi Trụ về với nhà Lê trung hưng và trở thành đại thần nhà Hậu Lê.